Thesaurus Indicus

Su obra Thesaurus Indicus es un extenso tratado que presenta, entre otros temas, el debate existente entre las corrientes cesaristas y teocráticas a las cuales Avendaño se tuvo que enfrentar. Partiendo en su mayor parte desde una perspectiva probabilista, concede el beneficio de la probabilidad a las posiciones que van en contra de las suyas. En este sentido, a juicio del estudioso Gabriel Andrade Campo Redondo, nunca desecha por completo una gama de posiciones que, sin embargo, él mismo no acepta.